Νέα ερωτήματα προκύπτουν καθημερινά για όσα συνέβαιναν πίσω από τις πόρτες των δομών της «Κιβωτού του Κόσμου», με ένα από αυτά να είναι οι επαναβαφτίσεις παιδιών που είχαν ήδη χριστιανικά ονόματα.
Από το πρώιμο στάδιο που βρίσκεται η έρευνα στη ΜΚΟ διαπιστώθηκε ότι είχε τελεστεί το μυστήριο της βάφτισης σε παιδιά που, όπως φαίνεται από τα έγγραφα, δεν ήταν αλλοδαπά και αλλόθρησκα, αλλά είχαν χριστιανικά ονόματα, άρα θεωρητικά είχαν ήδη βαφτιστεί.
Οπως αποκάλυψε ο γενικός γραμματέας Κοινωνικής Αλληλεγγύης Γιώργος Σταμάτης, υπάρχουν αναφορές και εκθέσεις σχετικά με τα θέματα παιδικής προστασίας και καταπάτησης των δικαιωμάτων των παιδιών, επισημαίνοντας ότι πολλές φορές είχαν γίνει συστάσεις, όμως φάνηκε ότι δεν μπορούσαν να τα καταφέρουν.
«Απαγορεύεται να διαχωρίζονται τα αδέρφια από δομή σε δομή. Είχαμε κι άλλα θέματα, με βαφτίσεις παιδιών που είχαν ήδη χριστιανικά ονόματα και γι’ αυτό έχει ζητηθεί από την “Κιβωτό” να εξηγηθεί νομικά. Ολα αυτά εξετάζονται από το νέο Δ.Σ.» είπε χαρακτηριστικά ο κ. Σταμάτης.
Ο ίδιος αναφέρθηκε στο ενδεχόμενο να γίνονταν βαφτίσεις ήδη βαφτισμένων παιδιών προκειμένου να γίνονται παράνομες υιοθεσίες, αν και το νομικό πλαίσιο που είναι σε ισχύ από το 2018 κάνει κάτι τέτοιο πάρα πολύ δύσκολο. Και αυτό γιατί τα παιδιά προς υιοθεσία βρίσκονται καταγεγραμμένα σε μητρώο, ωστόσο πάντοτε υπάρχουν «παράθυρα» για όσους θέλουν να παρανομήσουν.
Αυτό το «εύρημα», το οποίο προσθέτει στην υπόθεση ένα εξωφρενικό σενάριο, που αφορά παράνομες υιοθεσίες, ανασύρει μνήμες από την τελευταία φορά που αποκαλύφθηκαν μαζικά περιστατικά -προ εικοσαετίας- στο ίδρυμα «Αγιος Στυλιανός». Τότε είχαν έρθει στο φως 29 υποθέσεις παράνομων υιοθεσιών, οι οποίες είχαν γίνει τη διετία 1968-1970. 
Η μόνη περίπτωση που γίνεται δεύτερη βάφτιση, σύμφωνα με την Εκκλησία και το ορθόδοξο δόγμα, είναι όταν η πρώτη χαρακτηριστεί άκυρη. Δηλαδή το μυστήριο να τελέστηκε από ιερέα ο οποίος είχε καθαιρεθεί από το Συνοδικό Δικαστήριο ή είχε τεθεί σε αργία ή ήταν σχισματικός.Διαφορετικά δεν έχει καμία λογική η επανάληψη της βάφτισης και αυτό μπορεί να το εξηγήσει μόνο η πρώην διοίκηση της «Κιβωτού».